De acuerdo al Capítulo VI, Artículo 23 de los Estatutos del Partido del Trabajo, en su estructura cuenta con las siguientes instancias de Dirección.
I.De carácter nacional:
a) Congreso Nacional.
Es el órgano máximo de dirección y decisión del Partido del Trabajo. Sus acuerdos y resoluciones, son obligatorios para todas sus instancias de dirección, militantes y afiliados. Lo integran: La Comisión Ejecutiva Nacional, La Comisión Coordinadora Nacional, La Comisión Nacional de Contraloría y Fiscalización y La Comisión Nacional de Garantías, Justicia y Controversias. Legisladores federales y estatales del PT. Así como Comisionados Políticos Nacionales. Presidentes Municipales acreditados conforme a la convocatoria respectiva, Representantes nacionales ante los órganos electorales federales y Delegados en el número y proporción que se establezca en la convocatoria respectiva, que emita la instancia convocante. El Congreso Nacional se reune cada tres años en forma ordinaria.
b) Consejo Político Nacional.
Es el órgano máximo de dirección y decisión del Partido del Trabajo entre Congreso y Congreso. Se reune ordinariamente cada cuatro meses; y de manera extraordinaria cada vez que se considera necesario.
El Consejo Político Nacional se integra por: La Comisión Ejecutiva Nacional, la Comisión Coordinadora Nacional. Comisionados Políticos Nacionales, Senadores de la República, Diputados Federales y Diputados Locales acreditados.
Presidentes Municipales o Jefes Delegacionales, representantes del Partido del Trabajo ante los órganos electorales Nacionales, la Comisión Nacional de Contraloría y Fiscalización. la Comisión Nacional de Garantías, Justicia y Controversias, la Comisión Ejecutiva Nacional, la Comisión Coordinadora Nacional, el Comisionado Político Nacional.
c) Comisión Ejecutiva Nacional.
Es el órgano ejecutivo, con carácter colectivo y permanente del Partido del Trabajo, entre sesión y sesión del Consejo Político Nacional. Su funcionamiento es colegiado y combina la dirección colectiva con la responsabilidad individual. Sesiona ordinariamente una vez a la semana y en forma extraordinaria cuando se considera necesario.
La Comisión Ejecutiva Nacional es electa en cada Congreso Nacional ordinario,
en el número que éste acuerda y para el desarrollo de su trabajo
cuenta con las siguientes comisiones:
Organización. Movimientos Sociales. Asuntos Electorales. Comunicación
Social. Prensa y Propaganda. Orientación Ideológica. Finanzas
y Patrimonio. Asuntos Municipales.
d) Comisión Coordinadora Nacional.
Se integra con seis miembros electos en cada Congreso Nacional ordinario y es la representación política y legal del Partido del Trabajo y de su dirección Nacional. Ejercen la representación política y legal del Partido del Trabajo en todo tipo de asuntos de carácter judicial, político, electoral, administrativo, patrimonial y para delegar poderes y/o establecer convenios en los marcos de la legislación vigente.
e) Comisionado Político Nacional.
Son representantes de la Comisión Ejecutiva Nacional para las diferentes tareas que se les asigna. Sus actividades están subordinadas a la Comisión Coordinadora Nacional, la Comisión Ejecutiva Nacional y el Consejo Político Nacional.
Otros órganos de cáracter nacional del Partido del Trabajo son:
a) Comisión Nacional de Contraloría y Fiscalización.
Es de carácter permanente y es integrada por tres miembros y sus respectivos suplentes, que no son integrantes de la Comisión Ejecutiva Nacional, son nombrados por el Congreso Nacional. La Comisión tiene las más amplias facultades de fiscalización y revisión de la información financiera de la Comisión Nacional de Finanzas y Patrimonio y de todo órgano Nacional, Estatal, del Distrito Federal, Municipal, Delegacional y en su caso, Distrital que maneje fondos o bienes del Partido del Trabajo, incluyendo las finanzas de los grupos parlamentarios en el Congreso de la Unión, la Asamblea Legislativa y en los Congresos de los Estados.
b) Comisión Nacional de Garantías, Justicia y Controversias.
La Comisión Nacional de Garantías, Justicia y Controversias es de carácter permanente y es integrada por siete miembros y sus respectivos suplentes, que no integran la Comisión Ejecutiva Nacional o la Comisión Nacional de Contraloría y Fiscalización. Son nombrados por el Congreso Nacional y duran en su encargo hasta el próximo Congreso Nacional.
Entre sus facultades se encuentra la de proteger los derechos de los militantes y afiliados consignados en los artículos 15 y 17 asi como garantizar el cumplimiento de los Estatutos y atender los conflictos cotidianos en los Estados y el Distrito Federal.
II.- Órganos de dirección Estatal:
a) Congreso Estatal o del Distrito Federal.
b) Consejo Político Estatal o del Distrito Federal.
c) Comisión Ejecutiva Estatal o del Distrito Federal.
d) Comisión Coordinadora Estatal o del Distrito Federal.
e) Comisionado Político Nacional, en su caso.
Otros órganos de dirección Estatal o del Distrito Federal:
a) Comisión de Contraloría y Fiscalización Estatal o del Distrito Federal.
b) Comisión de Garantías, Justicia y Controversias. Estatal o del Distrito Federal.
III.- Órganos de dirección Municipal y Delegacional:
a) Congreso Municipal o Delegacional.
b) Consejo Político Municipal o Delegacional.
c) Comisión Ejecutiva Municipal o Delegacional.
d) Comisión Coordinadora Municipal o Delegacional.
e) Organismos del Partido del Trabajo en las comunidades y en las organizaciones sociales.
f) Comisionados Políticos Nacionales, en su caso.